Su deposu temizliği mutlaka su deposu temizliği şirketleri ile yapılması gereken işlemlerdendir. Su deposu temizliği şirketleri bu konuda Sağlık Bakanlığı mevzuatlarına göre hareket etmekte ve yapacakları her işlem kanun ve yükümlülüklere uygun olarak belirlenmektedir. Su Deposu temizleme işlemini kısaca anlatmak gerekirse farklı kimyasallar ile deponun yosunlara bakterilere ve mikroplara karşı olan yıkanması olarak düşünülebilir. Ayrıca su depolarının temizlik işlemleri için mutlaka su depolarında temizlik şirketi gelmeden önce yer alan suyun boşaltılması gerekmektedir. Bu Deponun temizliği için zaman kazandıracak işlemlerin daha hızlı sonuçlanmasını sağlayacaktır.

Su deposu sızdırmazlık sorunlarına karşı ortaya çıkan yalıtım çözümlerinin getirisi olarak artık su depoları hem yalıtım hem de izolasyon açısından oldukça kaliteli malzemelerle donatıla bilmektedir. Bu yalıtım malzemeleri son derece kaliteli ürünlerden ve sertifikalarla ile üretilmektedir. Su deposu yalıtım uygulamaları depo içi ve depo dışı olarak iki sınıfa ayrılmaktadır. Bu yalıtımlar Deponun soğuk iklimlerde donmaması için izolasyon kaplaması ya da İzocam kaplaması olarak bilinen yöntemle  kaplanmasına denilmektedir. Ayrıca su deposu izolasyonu ise içten yapılan bir boyama tekniği olarak yapılmaktadır. Bu boyama tekniği alkali boyalar ile gerçekleştirilmekte ve minimum 5 ile 6 gün depoyu kuruma evresine bırakmak gerekmektedir.

Su deposu soruları arasında en çok sorulan soru betonarme su depolarının yalıtımları ile ilgilidir. Betonarme su depoları mevsimsel koşullardan daha az etkileneceği için dıştan yalıtımı ihtiyaç duymazlar bu tip depolar içten alkali boya ile boyanarak ardından membran uygulaması yapıldığında çok uzun yıllar deponun sorunsuz olarak kullanılmasına suda koku ve kir gibi olumsuzlukların çok uzun süre ile ortaya çıkmamasına yardımcı olur. Fakat standart depolar düzenli olarak periyodik bakımlara ihtiyaç duyar. Bu yönüyle bakıldığında depoyu satın almak izole etmek ve yalıtma depoyu sonsuza kadar kapağını açmadan kullanmak anlamına gelmemektedir. Düzenli olarak deponun yalıtımı ve temizliği kontrol edilerek Halk sağlığına  olumsuzluk oluşturabilecek şehir şebeke suyunda yer alan kir pas çamur gibi yabancı maddelerin depodan temizlenmesi büyük önem taşıdığı unutulmamalıdır.